Lorsque la guerre éclate le 28 juillet 1914,Suzanne Noël est alors interne des Hôpitaux de Paris mais elle reçoit comme tous les internes l’autorisation d’exercer la médecine de ville.
Elle devient titulaire à l’hôpital Saint Louis et fréquente le service de chirurgie réparatrice du docteur Hippolyte Morestin (1869-1919). Celui-ci aura également, à sa charge le service de l’hôpital militaire du Val-de-Grâce, où il organise dès janvier 1915 le service des blessés et des mutilés de la face, consacré à la chirurgie maxillo-faciale.
Suzanne Noël participe à la mise en place du Service des blessés militaires qui commencent à affluer dès les débuts de la guerre, et parmi eux des soldats ayant reçu des blessures au visage, que l’on désignera sous l’expression de gueules cassées, inventée par le colonel Picot (1862-1938), premier président de l’Union des blessés de la face et de la tête.
A partir de 1916, afin d’améliorer ses techniques chirurgicales, Suzanne Pertat se rapproche du Docteur Thierry de Martel (1875-1940), ancien interne du Dr Hippolyte Morestin, qui exerce en particulier à l’hôtel Astoria transformé en hôpital, à qui l’on doit de très nombreux travaux qui ont contribué à faire de la neurochirurgie une branche autonome de la chirurgie. Lorsque Thierry de Martel prend la direction de l’hôpital américain de Neuilly et y accueille des gueules cassées, Suzanne Noël va apporter à plusieurs reprises sa collaboration pour suivre les blessés après-guerre. En effet, certains cas ont nécessité un travail de réparation et de restauration esthétique pouvant durer plusieurs années.
Elle évoquera cette expérience auprès de ses proches : J’étais dans un service où les médecins s’efforçaient de redonner aux soldats une fonction vitale : respirer, mâcher, avaler, entendre … Moi mon rôle était de leur redonner un visage humain, acceptable pour leur famille. (Témoignage familial par Esther Chapellier 1916-1997, petite cousine du Dr Suzanne Noël, transmis à sa belle-fille, Suzanne Desbois-Lussignol)
L’activité de Suzanne Pertat pendant la Guerre ne se limite pas à la chirurgie : elle va notamment porter secours aux blessés sur le front avant leur transport et dans les hôpitaux de l’Avant. Elle s’implique tout spécifiquement dans les régions de Braine, Fismes et Soissons pendant les Batailles de l’Aisne (1914, 1917, 1918). Pendant toute la guerre, elle fait preuve d’une énergie exceptionnelle, soutenant le moral de tous ceux qui l’approchent et auprès de ses patients sans se soucier de leurs conditions ni de leur fortune. Cet engagement fort au plus près du conflit sera récompensé en 1921 quand elle reçoit la Médaille d’Argent de la Reconnaissance Française pour tous les services rendus durant le conflit. Elle recevra aussi la Médaille de la Mutualité Française.
Durant cette période, elle ne va pas s’intéresser qu’au sort des militaires mais également s’inquiéter des populations civiles, qui voient leurs régions dévastées, et sont déplacés en tant que réfugiés. Durant toute la Guerre, elle prête secours à de nombreuses œuvres de guerre telles que l’association des réfugiés de l’Aisne, ou l’association d’aide aux veuves de militaires de la Grande Guerre. Elle participe également à l’association nationale des jardins et ateliers sanitaires dont elle soigne gratuitement les malades.